Luís nasceu no dia 09 de março de 1568 na Itália. Era o primeiro dos sete filhos. Seu pai, que servia ao rei da Espanha, sonhava em ver seu herdeiro e sucessor ingressar nas fileiras daquele exército. Por isso, desde pequenino, Luís era visto vestido como soldado, marchando atrás do batalhão ao qual seu pai orgulhosamente servia.
Quando tinha dez anos, foi enviado à Florença na qualidade de pajem de honra do grão-duque de Toscana. Depois foi à Espanha, para ser pajem do Infante Dom Diego, período em que aproveitou para estudar filosofia. Com doze anos, recebeu a Primeira Comunhão diretamente das mãos de Carlos Borromeu, hoje Santo da Igreja.
Desejava ingressar para a vida religiosa, mas seu pai demorou cerca de dois anos para se convencer de sua vocação. Luís tinha quatorze anos quando venceu as resistências do pai, renunciou ao título a que tinha direito por descendência e à herança da família e entrou para o noviciado romano dos jesuítas.
Passou a atender os doentes, principalmente durante as epidemias que atingiram Roma. Consta que, certa vez, Luís carregou nos ombros um moribundo que encontrou no caminho, levando-o ao hospital. Isso fez com que contraísse a peste que assolava a cidade.
Luís Gonzaga morreu com apenas vinte e três anos, em 1591. Foi proclamado padroeiro da juventude.